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国戏剧家布莱希特在《伽利略传》里把这位科学家的忏悔写成一个人格悖论，即他在科学上是巨人，在人格上却并不伟大；但布莱希特认为也有别的多种可能，例如他的一位学生凭借着他所写的一部著作证明，老师很可能是故意避开人生的直线在走一条曲线，因为没有先前的忏悔就没有后来的著作。
不管伽利略是自恃有理，还是故意走曲线，忏悔的后果总的说来是可怕的。就个人而言，多年囚禁，终身监控，女儿先他九年而死，他后来又双目失明，在彻底的黑暗中熬过了最后五年；就整体而言，诚如英国哲学家罗素所说，这个案件“结束了意大利的科学，科学在意大利历经几个世纪未能复苏”。
事情很大，但我总觉得伽利略的心理崩溃与尼科利尼向他讲了“鸡群围啄”的原理有关。
尼科利尼作为一个外交家虽然勘破尘世却有自己广阔的流转空间，他不知道作为一个科学家的伽利略并没有这种空间，一旦看穿便无法超拔。
既然友情如此虚假，他宁肯面对敌人，用一纸自辱的忏悔来惩罚背叛的“鸡群”和失察的自己。这相当于用污泥涂脸，求得寂寞与安静。他这样做不是为了保存生命来继续研究科学，而是故意让自己作为社会人的一部分彻底死亡。后来他又有了新的科学著作，只是残存生命的一种惯性动作。
正是这样的事件，使我在欧洲期间不管到哪儿都放不过宗教裁判所。看得多了，明白文艺复兴虽然以理想方式提出了“人”的问题，却还远没有建立一个基本的人格环境，因此科学文化的近代化无从起步，即便出了伽利略这样的人也无济于事，这就给后代一批批人文主义大师提出了艰难的课题。他们在人权和法制上所做的数百年努力，都是从宗教裁判所的反面行径中起步。
那时候佛罗伦萨已不再耀眼，它只是守护住了自己那些冤屈的儿子们的遗体遗物，静静地等待历史返还公道。