莉莉丝是地球上所有生物的起源之母，人类、动物、植物，都是从L.C.L液体，生命之水中诞生孕育出来的，拥有着高度智慧的人类是莉莉丝的使徒，也就是第十八使徒「李林」。
Seele从《死海文书》中知晓了生命轮回的秘密，当他们不小心把在南极休眠的亚当惊醒时，灭绝一切生命的冲击就要来临了。
眼睁睁等死不是人类的作风，于是Seele就开始进行了大胆的作战计划，他们利用莉莉丝的身体做出了零号机和初号机，利用亚当的身体做出了二号机以及后面的其它EVA，明面上是准备对付使徒来袭进行作战，暗中则秘密开始执行人类补完计划。
人类补完计划，在消灭所有亚当的使徒后解放莉莉丝，让起源之母再次觉醒后，所有的生命都将回到她体内，变成一个。
届时人类的灵魂都将活在莉莉丝体内，达成心灵意识交融为一体，永生不死。
所以「人类补完计划」对于Seele的议员们，位于人类势力高层的老东西，几乎是要行将就木用机械改造的方式维持生命的老人们特别具有吸引力。
只有消灭完亚当的使徒人类才能利用莉莉丝进行人类补完，如果是亚当和使徒先进行接触，那么就会是灭绝一切生命的第三次冲击。
生命必须有终点，这是旧约时期天父所进行的黑历史黑深残设定，亚当从休眠中醒来就是生物的大灭绝，恐龙的时代或许就是这样落幕的吧。
而在所有的生命灭亡终结后，莉莉丝她会孕育诞生出新的生命来，万物生死轮回的命运就是如此。
这一切都被记载于《死海文书》当中，人类解读出生命轮回的秘密后，才有了「人类补完计划」的出现。
不管怎么说，世界上的一切都不会一成不变，哪怕是命运的轮回都终将会被打破，或许天父原本的想法就是通过无限的生命轮回，来筛选诞生出具有潜力的种族，可以阻止亚当和使徒进行融合引发冲击，能够战胜神所规定的命运。
但现在看起来，人类虽然是有这个潜力，但做决定的高层头脑Seele这个议会组织着实该死，神费了这么大心思不是让人类重新回到妈妈的肚子里，要不然一开始把你们人类生下来干嘛？
已经过了年轻旧约的黑深残时期，新约的鸽子天父琢磨了一下，就刚好把他原来设定的《死海文书》重新撰写，于是就有了现在。
“Aaaaa.....”
提妈呼唤，她表示自己一切都准备OK了后，真正的补完仪式开始了。
渚薰站在提亚马特的手上，脚步已经融入生命之海的同时，他自己与亚当胚胎进行融合。
莉莉丝和提亚马特牵着手，黑之月从NERV基地下漂浮起来，起源之母召唤生命回归的仪式开始，正是Seele所期望的人类补完计划，莉莉丝开始进行了。
让所有生命回归原本的形态，就像是使徒的S2机关被破坏后变成了鲜红血海，在莉莉丝的回归呼唤下，地球上所有的人类就像气球一样“啪”的一下破碎，变成了和橙汁一样的L.C.L液体流淌回归到莉莉丝体内。
“究竟...发生了什么！”
在二号机当中的明日香，她因为有着EVA的保护并没有直接变成橙汁，少女目睹这一系列让脑袋都思考不能宕机的情况时，现在都已经彻底傻瓜了....大概就是我是谁，我在哪，我要做什么，这种空白懵逼的状态。
“人类开始补完了，不过你在EVA里面不会受到影响，说不定还能和真嗣做一对亚当和夏娃。”
“啊啊啊———！”
不知道是被夸张现实给打击，还是让金固这话给刺激到恼羞成怒，明日香忍不住的操控二号机一把拍向自己头上，但金固却现一个跳跃躲闪开了。
“开个玩笑而已，不要生气。”
“给我去死。”
明明在这种仪式进行的紧要关头，金固他还有闲心和明日香这个小姑娘捉迷藏，也够宽心。
不过有个绿藻头家伙看着现场，仪式确实不可能会出现什么变故，有个大佬看场子，又有谁能破坏剧本呢。
莉莉丝将地球上的所有生命收拢回归在她的体内，渚薰和亚当胚胎进行完最后的禁忌融合，第三次冲击开始了。
天使的光环出现在渚薰的头上，并且在天空中代表着破灭的光环不断扩散出现，直至覆盖了整个地球，世界开始发生翻天覆地的变化，能够灭亡一切的天灾降临。
“父亲的使命完成了，接下来就交由给你了，提亚马特神。”
说完这句话的渚薰，也就是融合完成的亚当，整个人彻底融入提妈的手中，与之前生命之海捕捉的所有使徒进行最后的融合补完，变回完整的亚当。
在亚当和莉莉丝都处于完整的觉醒状态后，初号机手中的朗基努斯之枪和卡西乌斯之枪同时出现了共鸣，它们的形态从枪的样貌变回了根须，然后快速成长变成了树根，并且继续朝着生命之树和智慧之树的形态还原。
生命回归到了原点，莉莉丝巨大的形态缩小，她回到了诞生出自己的黑之月当中。
提亚马特替代了亚当，她进入到了白之月里面，那个诞生出亚当的卵之中。
黑之月回到了智慧之树上，白之月回到了生命之树上，两棵树纠缠生长在一起，直到不分彼此为止。
“诞生出亚当的生命之果，诞生出莉莉丝的智慧之果，都回归到了最开始的原点。”
看着这一切的觉者，生命之树和智慧之树纠缠融汇变成了一棵树，它就这样生长在了地球之上，从宇宙中一眼就能看见，圆圆的地球上出现了一颗巨大的树。
现在唯一见证这一切的观众，只有真嗣和明日香俩人，同为14岁的少年少女，她们就仿佛是被新时代所选中的亚当和夏娃一样，震惊无言的见证了所有......
“你们两个，有什么愿望吗？”
“你，是谁....”
听见了觉者的声音，初号机中的真嗣和二号机中的明日香都非常不知所措，主要是他们两人的脑袋已经彻底烧糊了，亲眼目睹这超越离奇的现实就像是看到神迹一般，无法理解无法说明，只能去继续懵逼。
“我？你们就当做是神的朋友吧，有什么想要实现的愿望可以说出来，马上世界就要重置了。”
临行的最后，听一听好孩子的愿望也是可以的，觉者笑而不语。
“我的愿望....想跟父亲和好，想跟妈妈生活在一起，还想和熏继续做朋友。”
“我....想重新见到妈妈。”
性格内向的真嗣，性格傲娇的明日香，两个人实质都是好孩子，只是想要平凡普通的幸福生活而已，而对于好孩子们的愿望，神一般都会乐意去实现的。
“神已经听见了你们的愿望，祝愿你们在新的世界能幸福快乐的生活。”
觉者的话终止，从宇宙当中伸过来一只巨大的手，拿起了纠缠在一起的生命之树和智慧之树，鸽子天父他的笔终于修好了——可以谱写新的故事了。